Chịu ảnh hưởng từ gia đình và từ người chú ruột, linh mục Philipphê Nguyễn Như Danh (1905-1980) và cậu ruột là linh mục Đa Minh Nguyễn Văn Trân, Nguyễn Như Thể từ thuở nhỏ đã có ý muốn đi theo con đường tu trì.[2][4][5] Nguyễn Như Thể nhập học Tiểu chủng viện An Ninh, Huế vào tháng 7 năm 1947. Tiểu chủng sinh Thể được lòng các chủng sinh khác cũng như các giáo sư chủng viện. Cậu có đời sống nội tâm sâu sắc, có thành tịch cao trong học tập và thường tham gia các hoạt động cộng đoàn.[5] Sau khi tốt nghiệp tốt nghiệp văn tú tài toàn phần ban Triết chương trình Pháp, chủng sinh Thể nhập học Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn tháng 8 năm 1955. Quyết định đưa các đại chủng sinh nhập học tài Sài Gòn là do Hạt Đại diện Tông Tòa Huế sắp xếp cơ sở đại chủng viện cho Tiểu chủng viện An Ninh sử dụng để tránh chiến sự. Sau đó, chủng sinh Thể và các chủng sinh được đưa đến học tại Đại chủng viện Xuân Bích Thị Nghè.[4][5]

Trong quá trình tu học, chủng sinh Nguyễn Như Thể lần lượt nhận các chức nhỏ: chức Một (20 tháng 9 năm 1958) tại Đan viện Thiên An, chức Hai (24 tháng 1 năm 1959) tại La Vang, chức Ba và Bốn (ngày 13 tháng 3 năm 1960) tại Sài Gòn và chức Năm (ngày 27 tháng 5 năm 1961) tại Phủ Cam, Huế. Một ngày sau khi lãnh chức Năm, chủng sinh Nguyễn Như Thể được phong chức Phó tế tại Nhà thờ chính tòa Phủ Cam.[5]